谷仓边的废弃火车

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谷 仓 边 的 废 弃 火 车 谷 仓 边 的 废 弃 火 车 首 页 标 签 分 类 归 档 0 % R A S P A 教 程 发 表 于 2 0 2 1 0 8 0 5 更 新 于 2 0 2 2 0 6 1 3 分 类 于 M o l e c u l a r S i m u l a t i o n [ T O C ] R A S P A 介 绍 R A S P A 是 一 个 多 用 途 的 计 算 软 件 ， 由 西 北 大 学 S n u r r 组 主 持 开 发 ， 可 用 于 气 体 、 液 体 、 分 子 筛 、 硅 铝 酸 盐 、 金 属 有 机 骨 架 材 料 等 的 分 子 动 力 学 （ M D ） 以 及 蒙 特 卡 洛 模 拟 （ M C ） ， 本 人 主 要 用 其 进 行 气 体 吸 附 的 高 通 量 计 算 。 阅 读 全 文 » L A M M P S 笔 记 （ 3 ） 发 表 于 2 0 2 1 0 4 1 5 更 新 于 2 0 2 2 0 6 1 5 分 类 于 M o l e c u l a r S i m u l a t i o n L A M M P S 命 令 1 . f i x 命 令 f i x 用 于 一 组 原 子 。 在 L A M M P S 中 ， f i x 命 令 可 认 为 是 在 某 一 时 间 段 或 能 量 最 小 化 中 对 系 统 的 任 何 操 作 。 包 括 原 子 的 位 置 、 速 度 的 更 新 控 制 温 度 对 原 子 团 施 加 限 制 更 新 边 界 条 件 等 若 重 新 设 置 一 个 具 有 相 同 I D 和 设 置 的 f i x ， 则 在 这 之 后 旧 的 f i x 会 被 覆 盖 ， 对 u n f i x 也 是 如 此 。 某 些 f i x 可 计 算 三 种 量 ： 全 局 变 量 ； 原 子 变 量 ； 局 部 变 量 。 2 . u n f i x 命 令 删 除 先 前 设 置 的 f i x 命 令 ， 同 时 也 删 除 通 过 f i x _ m o d i f y 更 新 的 任 何 设 置 u n f i x 方 法 是 删 除 f i x 的 唯 一 方 法 ， 在 一 个 f i x 之 后 新 增 一 个 f i x 不 会 删 除 前 一 个 。 阅 读 全 文 » L A M M P S 笔 记 （ 2 ） 发 表 于 2 0 2 1 0 2 1 3 更 新 于 2 0 2 2 0 6 1 3 分 类 于 M o l e c u l a r S i m u l a t i o n 非 键 作 用 静 电 项 描 述 原 子 间 静 电 作 用 ， 用 库 伦 公 式 ： 范 德 华 项 描 述 两 个 中 性 原 子 之 间 的 非 键 相 互 作 用 。 多 数 情 况 通 过 $ L e n n a r d J o n e s 1 2 6 $ 势 函 数 表 示 ： 范 德 华 作 用 由 交 换 互 斥 作 用 （ e x c h a n g e r e p u l s i v e ） 和 色 散 吸 引 （ d i s p e r s i o n a t t r a c t i v e ） 作 用 构 成 。 理 论 可 证 明 色 散 作 用 成 $ 1 / r ^ 6 $ 形 式 衰 减 ， 因 此 L J 1 2 6 势 对 于 色 散 作 用 的 描 述 是 严 格 的 。 阅 读 全 文 » L A M M P S 笔 记 （ 1 ） 发 表 于 2 0 2 1 0 1 1 3 更 新 于 2 0 2 2 0 6 1 3 分 类 于 M o l e c u l a r S i m u l a t i o n [ T O C ] 典 型 的 L A M M P S i n p u t 文 件 流 程 初 始 化 在 设 置 原 子 或 者 从 文 件 中 读 取 数 据 之 前 初 始 化 参 数 。 相 关 的 命 令 包 括 u n i t s , d i m e n s i o n , n e w t o n , p r o c e s s o r s , b o u n d a r y , a t o m _ s t y l e , a t o m _ m o d i f y 如 果 力 场 参 数 在 文 件 中 可 读 ， 相 关 的 命 令 包 括 p a i r _ s t y l e , b o n d _ s t y l e , a n g l e _ s t y l e , d i h e d r a l _ s t y l e , i m p r o p e r _ s t y l e 定 义 原 子 通 过 r e a d _ d a t a 或 r e a d _ r e s t a r t 命 令 读 取 文 件 中 的 数 据 通 过 盒 子 创 建 原 子 ， l a t t i c e , r e g i o n , c r e a t e _ b o x , c r e a t e _ a t o m s 通 过 r e p l i c a t e 命 令 重 复 整 个 原 子 集 以 运 行 更 大 规 模 的 模 拟 设 置 定 义 原 子 、 分 子 拓 扑 结 构 之 后 ， 包 括 力 场 参 数 、 模 拟 参 数 、 输 出 选 项 等 可 设 置 力 场 参 数 通 过 以 下 命 令 进 行 设 置 ， p a i r _ c o e f f , b o n d _ c o e f f , a n g l e _ c o e f f , d i h e d r a l _ c o e f f , i m p r o p e r _ c o e f f , k s p a c e _ s t y l e , d i e l e c t r i c , s p e c i a l _ b o n d s 模 拟 参 数 可 通 过 以 下 命 令 设 置 ， n e i g h b o r , n e i g h _ m o d i f y , g r o u p , t i m e s t e p , r e s e t _ t i m e s t e p , r u n _ s t y l e , m i n _ s t y l e , m i n _ m o d i f y 运 行 模 拟 使 用 r u n 命 令 开 始 模 拟 ， 使 用 m i n i m i z e 命 令 进 行 能 量 最 小 化 阅 读 全 文 » 文 章 目 录 站 点 概 览 H P D U A N 4 日 志 1 分 类 2 标 签 粤 I C P 备 2 0 0 1 1 5 4 2 号 © 2 0 1 9 – 2 0 2 2 H P D U A N 由 H e x o & N e x T . M u s e 强 力 驱 动

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