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Z h o n g x u b l o g Z h o n g x u b l o g H o m e A r c h i v e s T a g s Z h o n g x u b l o g H o m e A r c h i v e s T a g s A R C H S 4 ： 大 规 模 转 录 组 预 处 理 数 据 库 2 0 2 5 0 3 2 6 D e f a u l t C a t e g o r y 公 开 的 转 录 组 数 据 集 多 为 原 始 形 式 ， 格 式 不 统 一 、 处 理 方 式 各 异 ， 难 以 有 效 利 用 ， 所 以 我 想 找 一 个 经 过 标 准 流 程 清 洗 了 G E O / S R A 数 据 集 的 数 据 库 ， 这 样 可 以 直 接 用 清 洗 后 的 结 果 ， 而 不 用 每 个 数 据 集 单 独 处 理 。 r e c o u n t 2 （ h t t p s : / / j h u b i o s t a t i s t i c s . s h i n y a p p s . i o / r e c o u n t / ） 就 是 类 似 的 数 据 库 ， 但 只 提 供 了 2 0 3 8 个 数 据 集 ， 远 远 不 够 。 今 天 发 现 了 A R C H S 4 （ h t t p s : / / a r c h s 4 . o r g / ） ， 感 觉 满 足 我 目 前 的 需 求 。 A R C H S 4 数 据 源 于 G E O 和 S R A 数 据 库 ， 还 纳 入 了 线 虫 、 果 蝇 等 其 他 物 种 的 3 5 0 0 0 个 样 本 数 据 ， 用 的 比 对 软 件 是 K a l l i s t o 。 数 据 维 护 一 直 在 更 新 ， 还 提 供 了 分 析 和 下 载 工 具 （ h t t p s : / / g i t h u b . c o m / M a a y a n L a b / a r c h s 4 p y ） 。 R N A S e q 这 块 ， 提 供 了 9 6 6 6 9 3 个 样 本 比 对 结 果 ， 还 提 供 了 样 本 的 t S N E 结 果 ， 基 因 相 关 性 结 果 。 阅 读 更 多 2 D c o l o r g r a d i e n t 2 0 2 5 0 2 1 5 D e f a u l t C a t e g o r y 对 于 热 图 大 家 都 熟 悉 ， 热 图 中 的 颜 色 表 示 值 的 大 小 。 但 前 几 天 看 到 一 个 热 图 ， 里 面 的 颜 色 含 有 两 个 维 度 的 信 息 ， 专 门 有 一 个 颜 色 的 图 注 （ 非 主 图 ， 而 是 热 图 里 面 的 颜 色 说 明 ） ， 如 下 ， 横 坐 标 表 示 D 值 的 大 小 ， 纵 坐 标 表 示 的 P 值 ， 可 以 看 出 二 维 区 域 中 不 同 位 置 的 颜 色 ， 同 时 反 应 了 D 值 和 P 值 的 信 息 。 找 了 很 多 工 具 和 方 法 ， 都 不 太 方 便 实 现 ， 或 者 不 太 容 易 控 制 颜 色 的 分 布 。 后 来 突 然 悟 了 ， 我 可 以 自 己 生 成 这 个 图 ， 从 左 到 右 反 应 的 D 值 大 小 ， 两 个 颜 色 渐 变 ， 从 上 往 下 反 应 的 是 P 值 显 著 性 ， 颜 色 越 来 越 深 。 阅 读 更 多 S e q u e n c i n g m e t h o d s 2 0 2 4 0 4 2 2 D e f a u l t C a t e g o r y C h i p S e q 染 色 质 免 疫 共 沉 淀 （ C h r o m a t i n I m m u n o p r e c i p i t a t i o n ， C h I P ） 与 二 代 测 序 相 结 合 的 表 观 遗 传 研 究 技 术 ， 能 够 高 效 地 在 全 基 因 组 范 围 内 对 D N A 和 蛋 白 的 相 互 作 用 进 行 检 测 ， 通 常 用 于 转 录 因 子 结 合 位 点 或 组 蛋 白 特 异 性 修 饰 位 点 的 研 究 。 染 色 质 免 疫 沉 淀 法 ( C h I P ) 是 一 种 基 于 抗 体 的 技 术 ， 可 用 来 选 择 性 地 使 特 异 性 D N A 结 合 蛋 白 及 其 D N A 靶 标 富 集 。 C h I P 可 用 来 研 究 某 种 特 殊 的 蛋 白 D N A 相 互 作 用 、 多 种 蛋 白 D N A 相 互 作 用 或 全 基 因 组 或 部 分 基 因 内 的 相 互 作 用 。 C h I P 使 用 可 选 择 性 地 检 测 和 结 合 蛋 白 的 抗 体 ， 包 括 组 蛋 白 、 组 蛋 白 修 饰 、 转 录 因 子 、 辅 因 子 ， 以 提 供 有 关 染 色 质 状 态 和 基 因 转 录 的 信 息 。 在 C h I P 中 结 合 使 用 蛋 白 质 组 分 析 和 分 子 生 物 学 技 术 ， 能 够 让 研 究 者 理 解 目 的 细 胞 或 组 织 中 的 基 因 表 达 和 调 节 。 H i C H i C 技 术 源 于 染 色 体 构 象 捕 获 （ C h r o m o s o m e C o n f o r m a t i o n C a p t u r e , 3 C ） 技 术 ， 利 用 高 通 量 测 序 技 术 ， 结 合 生 物 信 息 分 析 方 法 ， 研 究 全 基 因 组 范 围 内 整 个 染 色 质 D N A 在 空 间 位 置 上 的 关 系 ， 获 得 高 分 辨 率 的 染 色 质 三 维 结 构 信 息 。 H i C 技 术 不 仅 可 以 研 究 染 色 体 片 段 之 间 的 相 互 作 用 ， 建 立 基 因 组 折 叠 模 型 ， 还 可 以 应 用 于 基 因 组 组 装 、 单 体 型 图 谱 构 建 、 辅 助 宏 基 因 组 组 装 等 ， 并 可 以 与 R N A S e q 、 C h I P S e q 等 数 据 进 行 联 合 分 析 ， 从 基 因 调 控 网 络 和 表 观 遗 传 网 络 来 阐 述 生 物 体 性 状 形 成 的 相 关 机 制 。 阅 读 更 多 P R O G E N y p a t h w a y s i g n a t u r e s 2 0 2 4 0 2 0 5 D e f a u l t C a t e g o r y P R O G E N y i s r e s o u r c e t h a t l e v e r a g e s a l a r g e c o m p e n d i u m o f p u b l i c l y a v a i l a b l e s i g n a l i n g p e r t u r b a t i o n e x p e r i m e n t s t o y i e l d a c o m m o n c o r e o f p a t h w a y r e s p o n s i v e g e n e s . F o r e a c h p a t h w a y , a c o l l e c t i o n o f g e n e s a r e a v a i l a b l e a l o n g t h e i r c o n t r i b u t i o n a n d s i g n i f i c a n c e t o i t . I n s i d e P R O G E N y , o n e c a n f i n d g e n e s i g n a t u r e s f o r 1 4 d i f f e r e n t p a t h w a y s : A n d r o g e n : i n v o l v e d i n t h e g r o w t h a n d d e v e l o p m e n t o f t h e m a l e r e p r o d u c t i v e o r g a n s . E G F R : r e g u l a t e s g r o w t h , s u r v i v a l , m i g r a t i o n , a p o p t o s i s , p r o l i f e r a t i o n , a n d d i f f e r e n t i a t i o n i n m a m m a l i a n c e l l s E s t r o g e n : p r o m o t e s t h e g r o w t h a n d d e v e l o p m e n t o f t h e f e m a l e r e p r o d u c t i v e o r g a n s . 阅 读 更 多 S A M / B A M 文 件 中 的 M D 标 签 2 0 2 4 0 1 2 9 D e f a u l t C a t e g o r y 我 用 b o w t i e 比 对 了 序 列 ， 想 查 看 r e a d s 的 错 配 情 况 。 S A M f l a g 中 的 M 包 含 了 比 对 上 的 碱 基 和 错 位 的 碱 基 ， 不 能 区 分 错 配 。 参 考 b o w t i e 的 文 档 ， 可 以 看 到 X M 的 标 签 可 以 指 示 m i s m a t c h 的 个 数 ， M D 标 签 可 以 查 看 具 体 的 错 配 情 况 。 X N : i : T h e n u m b e r o f a m b i g u o u s b a s e s i n t h e r e f e r e n c e c o v e r i n g t h i s a l i g n m e n t . O n l y p r e s e n t i f S A M r e c o r d i s f o r a n a l i g n e d r e a d . X M : i : T h e n u m b e r o f m i s m a t c h e s i n t h e a l i g n m e n t . O n l y p r e s e n t i f S A M r e c o r d i s f o r a n a l i g n e d r e a d . M D : Z : A s t r i n g r e p r e s e n t a t i o n o f t h e m i s m a t c h e d r e f e r e n c e b a s e s i n t h e a l i g n m e n t . S e e S A M T a g s f o r m a t s p e c i f i c a t i o n f o r d e t a i l s . O n l y p r e s e n t i f S A M r e c o r d i s f o r a n a l i g n e d r e a d . S A M 手 册 对 与 M D 的 介 绍 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 1 6 1 7 1 8 1 9 S t r i n g e n c o d i n g m i s m a t c h e d a n d d e l e t e d r e f e r e n c e b a s e s , u s e d i n c o n j u n c t i o n w i t h t h e C I G A R a n d S E Q f i e l d s t o r e c o n s t r u c t t h e b a s e s o f t h e r e f e r e n c e s e q u e n c e i n t e r v a l t o w h i c h t h e a l i g n m e n t h a s b e e n m a p p e d . T h i s c a n e n a b l e v a r i a n t c a l l i n g w i t h o u t r e q u i r i n g a c c e s s t o t h e e n t i r e o r i g i n a l r e f e r e n c e . 编 码 错 配 或 d e l 的 字 符 串 ， 与 C I G A R 和 S E Q 一 起 使 用 ， 重 建 r e a d 的 比 对 情 况 。 可 以 在 不 需 要 整 个 参 考 序 列 的 情 况 下 ， 用 于 突 变 检 测 。 T h e M D s t r i n g c o n s i s t s o f t h e f o l l o w i n g i t e m s , c o n c a t e n a t e d w i t h o u t a d d i t i o n a l d e l i m i t e r c h a r a c t e r s : M D 字 符 串 由 以 下 不 含 分 隔 符 的 条 目 组 成 。 • [ 0 9 ] + , i n d i c a t i n g a r u n o f r e f e r e n c e b a s e s t h a t a r e i d e n t i c a l t o t h e c o r r e s p o n d i n g S E Q b a s e s ; 表 示 与 相 应 S E Q 碱 基 相 同 的 一 系 列 参 考 碱 基 ； 这 里 [ 0 9 ] + 是 正 则 表 示 。 • [ A Z ] , i d e n t i f y i n g a s i n g l e r e f e r e n c e b a s e t h a t d i f f e r s f r o m t h e S E Q b a s e a l i g n e d a t t h a t p o s i t i o n ; 在 这 个 位 置 S E Q 碱 基 与 参 考 碱 基 不 一 致 • \ \ ^ [ A Z ] + , i d e n t i f y i n g a r u n o f r e f e r e n c e b a s e s t h a t h a v e b e e n d e l e t e d i n t h e a l i g n m e n t . 以 ^ 开 头 ， 表 明 有 个 d e l ， 注 意 d e l 前 有 ^ 。 总 结 ： 数 字 表 示 匹 配 ， 碱 基 表 示 错 配 ， ^ 碱 基 表 示 d e l 。 A s s h o w n i n t h e c o m p l e t e r e g u l a r e x p r e s s i o n a b o v e , n u m b e r s a l t e r n a t e w i t h t h e o t h e r i t e m s . T h u s i f t w o m i s m a t c h e s o r d e l e t i o n s a r e a d j a c e n t w i t h o u t a r u n o f i d e n t i c a l b a s e s b e t w e e n t h e m , a ‘ 0 ’ ( i n d i c a t i n g a 0 l e n g t h r u n ) m u s t b e u s e d t o s e p a r a t e t h e m i n t h e M D s t r i n g . 数 字 和 字 符 交 替 出 现 ， 如 果 两 个 连 续 错 配 ， 中 间 需 要 用 0 来 隔 开 。 C l i p p i n g , p a d d i n g , r e f e r e n c e s k i p s , a n d i n s e r t i o n s ( ‘ H ’ , ‘ S ’ , ‘ P ’ , ‘ N ’ , a n d ‘ I ’ C I G A R o p e r a t i o n s ) a r e n o t r e p r e s e n t e d i n t h e M D s t r i n g . W h e n r e c o n s t r u c t i n g t h e r e f e r e n c e s e q u e n c e , i n s e r t e d a n d s o f t c l i p p e d S E Q b a s e s a r e o m i t t e d a s d e t e r m i n e d b y t r a c k i n g ‘ I ’ a n d ‘ S ’ o p e r a t i o n s i n t h e C I G A R s t r i n g . ( I f t h e C I G A R s t r i n g c o n t a i n s ‘ N ’ o p e r a t i o n s , t h e n t h e c o r r e s p o n d i n g s k i p p e d p a r t s o f t h e r e f e r e n c e s e q u e n c e c a n n o t b e r e c o n s t r u c t e d . ) C l i p p i n g , p a d d i n g , r e f e r e n c e s k i p s , a n d i n s e r t i o n s ( ‘ H ’ , ‘ S ’ , ‘ P ’ , ‘ N ’ , a n d ‘ I ’ C I G A R o p e r a t i o n s ) 不 体 现 在 M D 字 符 串 中 ， 所 以 要 与 C I G A R 结 合 。 F o r e x a m p l e , a s t r i n g ‘ 1 0 A 5 ^ A C 6 ’ m e a n s f r o m t h e l e f t m o s t r e f e r e n c e b a s e i n t h e a l i g n m e n t , t h e r e a r e 1 0 m a t c h e s f o l l o w e d b y a n A o n t h e r e f e r e n c e w h i c h i s d i f f e r e n t f r o m t h e a l i g n e d r e a d b a s e ; t h e n e x t 5 r e f e r e n c e b a s e s a r e m a t c h e s f o l l o w e d b y a 2 b p d e l e t i o n f r o m t h e r e f e r e n c e ; t h e d e l e t e d s e q u e n c e i s A C ; t h e l a s t 6 b a s e s a r e m a t c h e s . 1 0 A 5 ^ A C 6 表 示 1 0 个 匹 配 （ 1 0 ） ， 一 个 与 A 不 匹 配 （ A ） ， 2 b p 的 d e l （ ^ A C ） ， 6 碱 基 的 匹 配 。 阅 读 更 多 下 一 页 由 H u g o 强 力 驱 动 | 主 题 E v e n © 2 0 1 2 2 0 2 5 z z x 浙 I C P 备 2 0 2 2 0 1 0 1 1 0 号 | 浙 公 网 安 备 3 3 0 1 0 5 0 2 0 0 7 0 1 2 号

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